Yrd. Doç.Dr. Murat Kemal AVCI
Yeni Fikir SAM Başkan Yardımcısı
Adnan Menderes Üniversitesi (ADÜ) Masası Başkanı
İletişim
A-1 Blok No :5 Kat :5 Daire :10 09100 Efeler/AYDIN
+90-256-7727024 Dahili: 2530
muratkemalavci@yaho.com www.quorumsensing.net
murat.kemal@adu.edu.tr
mkavci@itu.edu.tr
26.10.1981 Evli
325. K.D. GATA D.K.K/ANKARA/ 2008-2009 Terhis Tarihi : 16.05.2009
Eðitim
İstanbul Teknik Üniversitesi (İTÜ) / Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Bölümü 2009 - 2015
Doktora – Maslak/İSTANBUL
Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü (GYTE) / Biyoloji Bölümü /Mikrobiyoloji Lab. 2004 - 2008
Yüksek Lisans - Gebze/KOCAELİ [ Yeni adı: Gebze Teknik Üniversitesi (GTÜ) ]
Uludað Üniversitesi (UÜ) / Fen-Edebiyat Fakültesi /Biyoloji Bölümü 1999 - 2004
Lisans – Görükle / Bursa
Tez Konuları
Yüksek Lisans: Staphylococcus epidermidis ve Staphylococcus aureus'a ait Quorum Sensin sinyal peptitlerinin Lactococcus lactis'in nisin üretimi üzerine etkisi (Quorum Sensing Cross-Talk analizi)
[The effect of Quorum Sensing pheromone peptides of Staphylococcus epidermidis and Staphylococcus aureus on nisin production of Lactococcus lactis (Quorum Sensing Cross-Talk analysis)]
Doktora: Bacillus subtilis PY79 GntR ailesine ait LutR transkripsiyon faktörünün doðrudan kontrolü altindaki genlerin Kromatin immünopresipitasyon (ChIP) ve Elektroforetik Shift Assay (EMSA) yöntemleriyle belirlenmesi.
[Determination of genes under the direct control of GntR-type transcriptional factor LutR in Bacillus subtilis PY79 by CHIP and EMSA methods]
İş Deneyimi
İngilizce / ÜDS-2009-BAHAR 81.25
Araştırma Görevlisi - Adnan Menderes Üniversitesi 2012 - ………..
Ziraat Fakültesi / Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü
Projeler
TAMAMLANMIŞ VE DEVAM EDEN PROJELER…
1. GYTE-BAP-2006 / Araştırmacı 2006 - 2008
Mastitisli hayvanlardan alınan süt örneklerinden Staphylococcus aureus izolasyonu, tiplendirilmesi ve toksin tiplerinin belirlenmesi ve sütlerdeki çevresel etkilerin incelenmesi.
Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü / Biyoloji Bölümü.
2. GYTE-BAP-2007-A-8 / Araştırmacı / Tez Projesi 2007 – 2008
Staphylococcus epidermidis ve Staphylococcus aureus’a ait quorum sensing sinyal peptitlerinin Lactococcus lactis’in nisin üretimi üzerine etkisi (quorum sensing cross-talk analizi).
Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü / Biyoloji Bölümü.
3. İTÜ-BAP-2011-G-34527 / Araştırmacı / Tez Projesi 2011 – 2015
Bacillus subtilis’te YvfI Transkripsiyonel Faktörünün Direkt Kontrolü Altındaki Genlerin EMSA ve Kromatin immünüpresipitation Metodu ile Belirlenmesi.
İstanbul Teknik Üniversitesi / Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Bölümü.
4. TAGEM / Araştırmacı 2014 – 2016
Geleneksel Tarhana Çeşitleri, Yayık Tereyaðı ve Ev Yapımı Yoðurtlardan Starter Kültür Olarak Kullanılabilecek Laktik Asit Bakteri Suşlarının İzolasyonu, Moleküler Karakterizasyonu, Teknolojik Özelliklerinin Belirlenmesi ve Bu Suşların Yoðurt Üretiminde Kullanılması.
Adnan Menderes Üniversitesi / Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü
5. TÜBİTAK 2209-A Lisans Projeleri / Proje Danışmanı 2015 –2016
Çeşitli İllerimize Ait Bazı Bitkilerde Quorum-Quenching Özelliðinin Araştırılması ve Yeni İlaç Tasarımına Yönelik Alternatif Yaklaşımlar.
Adnan Menderes Üniversitesi / Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü
6. ADÜ-BAP / Araştırmacı 2015 - 2016
Ardahan ekolojik koşullarında yetişen elma genotiplerinin ISSR tekniði ile moleküler karakterizasyonu. Adnan Menderes Üniversitesi / Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü
7. ADÜ-BAP / Araştırmacı 2015 - 2016
Çörek Otu Genotiplerinin ISSR markörleriyle Genetik Karakterizasyonu.
Adnan Menderes Üniversitesi / Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü
8. ADÜ-BAP / Araştırmacı 2015 - 2016
Çörek Otu (Nigella sativa L.) Genotiplerinin Doku Kültürüne Yatkınlıklarının Belirlenmesi.
Adnan Menderes Üniversitesi / Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü
9. ADÜ-BAP / Araştırmacı 2015 - 2016
Mısır Tarımı Yapılan Alanlarda Herbisit Stresi Altında Bitki Büyümesini Teşvik Edebilen Mikrobiyal Soyların Moleküler Karakterizasyonu.
Adnan Menderes Üniversitesi / Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü
2. ADÜ-BAP / Proje Yürütücüsü 2016-NİSAN
Bitkilerde DNA-Protein etkileşim analizlerinde alternatif yaklaşımlar: Kromatin immünopresipitasyon Yönteminde Lineer Poliakrilamid (LPA) Matriksi uygulanması, adaptasyonu ve optimizasyonu.
Adnan Menderes Üniversitesi / Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü
3. ADÜ-BAP / Araştırmacı 2016-NİSAN
Frakliniella occidentalis’in Moleküler Tanılaması ve Virüs Vektör Özelliklerinin RT-qPCR Yöntemiyle Araştırılması.
Adnan Menderes Üniversitesi / Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü
ONAY BEKLEYEN PROJELER…
1. TÜBİTAK 2209-A Lisans Projeleri / Proje Danışmanı 2015-EKİM
Hücre Doku Kültürü Çalışmalarında Bitki Eksplantının Sterilizasyonunda Perasit Türevlerinin Kullanılabilirliðinin Araştırılması.
Adnan Menderes Üniversitesi / Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü 4
ULUSLAR ARASI - SCI INDEKSLİ MAKALELER…
Bilimsel Yayınlar-1
1. Murat Kemal AVCI, Muavviz AYVAZ, Hüseyin UYSAL, Emre SEVİNDİK, Seda ÖRENAY BOYACIOĞLU, Çiðdem YAMANER, 2015. Order-Wide In Silico Comperative Analysis and Identification of Growth Regulating Factor (GRF) Proteins In Malpighiales. Turkish Journal Of Biology , (2016) 40: 26-42 DOI: 10.3906/biy-1502-23
Bilimsel Yayınlar-2
ULUSLAR ARASI – HAKEMLİ - SCI INDEKS DIŞI MAKALELER…
1. Murat Kemal AVCI, Çiðdem YAMANER, Muavviz AYVAZ, Ayten YAZGAN KARATAS, 2014. In silico characterization and comparative analysis of Bacillus subtilis GntR type LutR transcription factor. EurAsian Journal of BioSciences, 8, 1, 1-11 May 20, 2014 http://dx.doi.org/10.5053/ejobios.2014.8.0.1
ULUSAL VE ULUSLAR ARASI KONGRELERDEKİ SÖZLÜ SUNUMLAR…
Bilimsel Yayınlar-3
1. XV. Ulusal Biyoteknoloji Kongresi, 28-31 Ekim 2007, Biyoteknoloji Derneði / ANTALYA.
Staphylococcus epidermidis ve Staphylococcus aureus’a ait quorum sensing sinyal peptitlerinin
Lactococcus lactis’in nisin üretimi üzerine etkisi (quorum sensing cross-talk analizi).
Bilimsel Yayınlar-3
ULUSAL VE ULUSLAR ARASI KONGRELERDEKİ POSTER
SUNUMLAR…
1. 19. Ulusal Biyoloji Kongresi, 23-27 Haziran 2008, Karadeniz Teknik Üniversitesi (KTÜ), TRABZON.
2. Murat Kemal AVCI, Öykü İrigül, Ebru KÖROĞLU, Ayten YAZGAN KARATAŞ, Identification of direct targets of GntR type transcriptional factor YvfI in B. subtilis by in vitro Chromatin Immunoprecipitation and Electrophoretic Mobility Shift Assays. 5. Congress of European Microbiologists, FEMS-2013, July 21-25, 2013, Leipzig, Germany.
3. Murat Kemal AVCI, Hüseyin UYSAL, Çiðdem YAMANER, Muavviz AYVAZ, Ayten YAZGAN KARATAŞ. Three-Dimensional Comparative In Silico Analysis of Bacillus subtilis LutR Transcriptional Factor with Well-Known HTH-Type Proteins. “Genom Varyasyonlar: Uygulama ve Veri Analizleri’’ Sempozyumu, 15-16 Eylül 2014, İstanbul Üniversitesi Biyoteknoloji ve Genetik Mühendisliði Uygulama ve Araştırma Merkezi (BİYOGEM) 5
4. Muavviz AYVAZ, Seda ORENAY BOYACIOGLU, Huseyin UYSAL, Murat Kemal AVCI, Emre SEVINDIK, Cigdem YAMANER, Genome-Wide Identification and Analysis of Boron Transporter Genes in Solanum tuberosum. Green Biotechnology, Workshop, 21-23 Sept. 2015, Darıca/GEBZE/KOCAELİ.
5. Çiðdem YAMANER, Seda ÖRENAY BOYACIOĞLU, Hüseyin UYSAL, Murat Kemal AVCI, Emre SEVİNDİK, Muavviz AYVAZ, Genome-Wide In Silico Characterization of the Pectate Lyase Protein Produced by Endopytic, Plant Growth Promoting Bacteria. Green Biotechnology, Workshop, 21-23 Sept. 2015, Darıca/GEBZE/KOCAELİ.
6. Emre Sevindik, Zehra Tuðba Abaci, Fatih Coskun, Muavviz Ayvaz, Hüseyin Uysal, Murat Kemal Avci, Molecular Systematic Relation ndhF (cpDNA) some of Silene L. Taxa Belonging Auriculatae and Brachypodeae Section Spread in Turkey. Green Biotechnology, Workshop, 21-23 Sept. 2015, Darıca/GEBZE/KOCAELİ.
7. Çiðdem YAMANAER, Murat Kemal AVCI, Hüseyin UYSAL, Mesut KOYUNCU, Muavviz AYVAZ, 2014. In silico characterization of Dextransucrase proteins of some bacterial species. The 5th International Symposium on Sustainable Development (ISSD 2014), Biotechnology for Sustainable Development; May 15-18, 2014, Sarajevo/BOSNIA and HERZEGOVINA.
8. Muavviz AYVAZ, Murat Kemal Avcı, Hüseyin UYSAL, Mesut KOYUNCU, Çiðdem İLERİ-Yamaner, 2014. Genome-wide in silico identification and analysis of GRF Transcription Factor Family genes in Linum usitatissimum. The 5th International Symposium on Sustainable Development (ISSD 2014), Biotechnology for Sustainable Development; May 15-18, 2014 – Sarajevo/BOSNIA and HERZEGOVINA.
Seminer & Ders Sunumları
1. Bakteriler arası iletişimde Quorum Sensing mekanizması, AHL sinyal molekülleri ve ilgili genlerin
ekspresyonu. (GYTE Yüksek Lisans Semineri, Prof. Dr. İ. Yavuz SEZEN, 2005 )
2. Gram pozitif bakterilerde triptofan biyosentez operonunun düzenlenmesinde yeni bulgular.
(GYTE, Prokaryotik Gen Ekspresyonu Ders Sunumu, Prof. Dr. Füsun GÜMÜŞEL, 2005)
3. Koagülaz negatif Staphylococcus epidermidis’te virülans faktörleri ve bunların düzenlenme
mekanizmaları. (GYTE Yüksek Lisans Semineri, Prof. Dr. İ. Yavuz SEZEN, 2006) 6
4. Bakteriler arası iletişimde Quorum Sensing mekanizması, AHL sinyal molekülleri ve ilgili genlerin
ekspresyonu. (GYTE Yüksek Lisans Semineri, Prof. Dr. İ. Yavuz SEZEN, 2005 )
5. Gram pozitif bakterilerde triptofan biyosentez operonunun düzenlenmesinde yeni bulgular.
(GYTE, Prokaryotik Gen Ekspresyonu Ders Sunumu, Prof. Dr. Füsun GÜMÜŞEL, 2005)
6. Koagülaz negatif Staphylococcus epidermidis’te virülans faktörleri ve bunların düzenlenme mekanizmaları. (GYTE Yüksek Lisans Semineri, Prof. Dr. İ. Yavuz SEZEN, 2006)
7. Operon oluşumu yatay gen transferiyle deðil ko-regülasyonla yürütülür. (GYTE,
Prokaryotik Gen Ekspresyonu Ders Sunumu, Prof. Dr. Füsun GÜMÜŞEL, 2006)
5. Mikrobiyoloji Laboratuvar Teknikleri. (İleri Mikrobiyoloji Ders Sunumu, Prof. Dr. İ.
Yavuz Sezen, 2006
6. Biyofilm oluşumu ve giderilme yöntemleri. (Enzim Bilimleri İleri Konular Doktora Dersi,
İTÜ MOBGAM 2009, Prof. Dr. H.Ayşe AKSOY, Doç. Dr. Melek TÜTER)
7. Quorum Sensing Odaklı yenilikler ve biyoteknolojik Uygulamalar. (Biyoteknolojide Yeni
Gelişmeler Doktora Dersi, Review Sunumu, İTÜ MOBGAM 2009, Doç. Dr. Z. Petek
ÇAKAR)
Diðer Akademik Programlar
1. Biotechnology Workshop. [Eylül-2004] Yıldız Teknik Üniversitesi, İST. (Katılımcı)
2. Biyoteknoloji Yüz yılı ve Türkiye. [3-4 Haziran 2006] Sabancı Üniversitesi, İistanbul.
(Organizasyon Görevlisi)
3. 18. Biyoloji Kongresi.[26-30 Haziran 2006] Adnan Menderes Üniversitesi, Kuşadası, Aydın (Katılımcı)
4. Biyokimya ve Moleküler Biyolojide Modern Teknikler (Yüksek Lisans Yaz Okulu) [18-28 Haziran 2007]. Ege Üniversitesi, Didim, Aydın. (Katılımcı)
5. Protein Kromotoðrafisi ve Yeni Nesil Polimerik Sistemler (Yüksek Lisans Yaz Okulu). [5-7 Temmuz 2007] Atatürk Üniversitesi, Erzurum. (Katılımcı)
6. Synthesis, Characterization, and Nanomaterials Workshop and School (S.C.A.N.-2010) [30 Eylül-6 OCAK 2010] Bilkent Üniversitesi, Ankara. (Katılımcı)
7. The Bioinformatic Roadshow, The European Molecular Biology Laboratory - The European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) and İstanbul Technial University (İTU). 13-15 May 2011, Maslak, İstanbul. (Katılımcı).